大量研究表明导致尖锐湿疣反复的因素较多，其中包括一些HPV再感染等因素。
　　
　　1、尖锐湿疣损害和/或HPV未被有用去除
　　
　　尖锐湿疣损害和/或HPV未被有用去除是造成尖锐湿疣反复的重要因素之一。有学者发现尖锐湿疣经医治去除疣体后仍有45%的患者存在HPV潜伏感染, 其中67%的患者表现反复。这表明HPV未被机体有用清除，残留的尖锐湿疣病变或潜伏HPV感染是尖锐湿疣反复的主要原因。作者认为在尖锐湿疣医治过程中每一种外用只要仔细操作，尤其是掌握达到有用去除HPV感染的组织范围和深度则会大大减少尖锐湿疣反复。但在临床医治过程中并非都能做到这一点，这与操作者技术水平有密切的关系。
　　
　　在前面已叙述HPV感染部位主要在表皮，尖锐湿疣自表皮向外生长，故无论是外使用物还是用激光等医治，其医治深度应达到表皮基底xibao层上方，医治范围应超过尖锐湿疣损害边缘1～2mm才能将尖锐湿疣病变组织清除干净。然而，在临床医治过程中即便是做到这点，仍有少数尖锐湿疣患者医治后反复。朱文元等研究发现在少数尖锐湿疣患者的真皮内检测到HPV DNA ,这一结果表明在尖锐湿疣反复病例中除了皮肤表皮内存在HPV外,真皮内存在HPV是尖锐湿疣反复的另一重要原因。
　　
　　问题是既然HPV是一种嗜表皮的病毒，为什么HPV会存在于真皮中呢？有几种可能的解释：
　　
　　①由于皮肤对HPV感染的炎症反应，导致HPV DNA的释放，如炎症引起基底xibao液化变性可以导致HPV颗粒释放到真皮乳头；
　　
　　②已知艾滋病患者的表皮郎格汉斯xibao、淋巴xibao和单核xibao内可以含有HIV，上述xibao在尖锐湿疣表皮内可能HPV DNA,他们可以从表皮游走到真皮；
　　
　　③HPV病毒血症导致真皮内含有HPV，但由于用学的方法未能在血清中发现病毒，故此种可能性很小。
　　
　　2、尖锐湿疣接种感染
　　
　　前面已提到在激光和手术切除等医治的过程中可能将含有HPV的病变组织污染其他部位，如对尖锐湿疣病变周围和远端皮肤黏膜的接种而发生尖锐湿疣。
　　
　　3、被HPV污染的物品
　　
　　在尖锐湿疣的传播途径中已叙述其间接传染途径，这也可能成为尖锐湿疣反复因素之一。如患者用过的被HPV污染的毛巾等未加处理，再次接触后可造成尖锐湿疣反复。Bergeron等观察还发现被HPV污染了的内裤也是尖锐湿疣反复的原因。
　　
　　4、性伴HPV感染或尖锐湿疣存在
　　
　　患者的性伴有HPV感染或尖锐湿疣未有用医治，患者尖锐湿疣治好后如再次与其性接触后就可以引起尖锐湿疣反复。
　　
　　5、尖锐湿疣亚临床表现与HPV潜伏感染
　　
　　尖锐湿疣亚临床表现与HPV潜伏感染存在是引起尖锐湿疣及其反复的重要的因素。Erpenbach等报道广泛黏膜的尖锐湿疣亚临床表现和HPV潜伏感染可能引起30%~70%尖锐湿疣病例的反复。周华等应用PCR技术检测发现在非皮损区HPV阳性者中有37.5%反复。
　　
　　6、机体系统的完整性
　　
　　如前所述尖锐湿疣患者系统发生变化在尖锐湿疣发生发展与消退中起着重要作用。因此，各种内外因素引起机体功能下降，使机体应答的调节紊乱，终导致完整的xibao系统平衡失调或缺陷是尖锐湿疣反复恶性循环中的一个很重要的因素。
　　
　　7、其他
　　
　　引起反复的其他因素中有患者个人不良卫生习惯、男性包皮过长、女性各种外阴阴道感染以及其引起的分泌物增多造成局部的潮湿环境等。